В состав заказника входит территория самого крупного острова Малой Курильской гряды - Шикотан (частично), а также - Полонского, Зеленый, Юрий, Танфильева, Анучина, Сторожевой, Сигнальный, Рифовый и другие мелкие острова и скалы, а также прилегающая к ним одномильная акватория Тихого океана. Общая площадь территории заказника составляет 67 892 га.
Государственный природный заказник федерального значения «Малые Курилы» находится в административном управлении заповедника «Курильский» и расположен в Южно-Курильском районе Сахалинской области.