Заказник «Малые Курилы»
В административном ведении заповедника находится государственный природный заказник федерального значения «Малые Курилы» (67 892 га).
Заказник «Малые Курилы» создан 13 мая 1983 года.
Заказник включает в себя бо́льшую часть острова Шикотан, все остальные острова Малой Курильской гряды и прилегающую к ним одномильную акваторию.