Леса и заросли
Лесопокрытая площадь заказника на острове Шикотан составляет около 20%, встречаются темнохвойные, лиственничные и каменноберезовые леса, заросли ольховника и луговое разнотравье. На других островах Малой Курильской гряды – Полонского, Зелёный, Юрий, Танфильева, Анучина – болотные и травяно-кустарниковые сообщества.
На территории заказника кедровый стланик замещается можжевельником Саржента, который образует сплошные стелющиеся заросли по склонам гор и отдельные куртины на приморских скалах и террасах.