Более 60% территории Кунашира занимают леса. На охотоморской стороне острова находятся основные местообитания теплолюбивых видов растений, для большинства из которых на Кунашире проходит северная граница ареала.
Кунашир — единственное место в России, где в диком виде встречается магнолия.