Зимой мыши не впадают в спячку. Передвигаться эти зверьки предпочитают под снегом, роя в нем туннели. Однако снег слеживается, искать корм становится сложно, и тогда они выбираются на поверхность.

Японская лесная мышь населяет опушки смешанных елово-широколиственных лесов с густым подлеском из бамбучника. В рационе данного вида преобладают семена хвойных и широколиственных пород, а также бамбучника, различных трав и прочих растений.

Грызун строит норы, состоящие из нескольких ходов, достигающих длины 4 м. Часто они располагаются на поверхности, в лесной подстилке, а иногда - на глубине 30-40 см.

Как правило, у нор один выход и от одной до трех камер - кладовых. В качестве убежищ японская мышь использует щели под корнями, пустоты в трухлявых пнях, дупла и другие подобные естественные укрытия.

В солнечные дни можно увидеть следы мышей на снегу. При этом часто отпечатывается длинный хвост. Узнать, кому точно принадлежит след, довольно сложно: у близких видов мышевидных грызунов они похожи.

Врагов у мышей много - все представители семейства куньих, лисы, совы и другие хищные птицы. В России японская мышь обитает только на острове Кунашир.