По данным японского информационного центра дрейфующих льдов, большая часть Кунаширского пролива покрыта льдами.
Ледяной покров плотностью 7-8 баллов занял большую часть Кунаширского пролива. Южная граница дрейфующих льдов на 21 января 2013 г., по данным спутниковых снимков, располагалась напротив озера Песчаное (о.Кунашир.).
По мнению специалистов, устойчивый ледяной покров в проливе может повлиять на формирование климата на Кунашире, уменьшив колебания температурного режима и понизив средние минусовые температуры. Кроме того, установление ледового покрова окажет существенное влияние на перераспределение мест зимовочных стоянок и кормежек морских водоплавающих и околоводных птиц, каланов и залежек ластоногих. Со сроками установления сплошного ледового покрова ученые также связывают и случаи гибели морских млекопитающих – косаток, дельфинов и морских свиней, которые задыхаются в ледяных ловушках, а также погибают в результате торошения льда. В связи со сложной ледовой обстановкой в проливе прекращается навигация судов и приостанавливается промышленное рыболовство.
Следует отметить, что льды в акватории Кунашира оказываются в результате сноса под действием северо-западных ветров и морских течений со стороны восточного побережья Сахалина. Льдообразование в Охотском море начинается в конце октября вблизи приустьевых участков рек в заливе Шелихова и в Шантарском районе. К началу февраля, продвигаясь вдоль восточного побережья Сахалина, льды достигают Хоккайдо. За период дрейфа по Охотскому морю толщина льда успевает нарасти до 70 см. Наибольшая толщина льда, отмеченная на юге Охотского моря, составляет около 1,8 м. После накопления в Кунаширском проливе лед начинает выдавливаться в Тихий океан через проливы Измены и Екатерины.
В Кунаширском проливе располагаются два участка морских охранных зон заповедника «Курильский» общей площадью около 200 кв. км.
